Стандартная беда MySQL под Linux

При установке ее из rpm + кривизна рук админов.
К слову, бывает и наоборот (лежит в /tmp/, а хочет в /var/lib/mysql/)

Лечится только "правильным" запуском демона (mysqld) с ключом --socket, равным "нужному" пути к сокету. Или правильной установкой/настройкой MySQL.

Увы, помочь мы тут не можем...

p.s.: А указывать сокет при коннекте данный парсер не умееет (по-моему). Если вдруг выснится, что умеет, сообщу дополнительно ;-)