Это все аргументы?

1) Из-за 3-х страниц делать в каждом каталоге _section.cfg???

++++ Да, ну и что?


2) А куски шапки из images в "корне" доставать в каталог???

+++ Не понял точно.
А что тебе мешает например в макре определить что-то типа ^var[secrionUrl] в котором будет кусок урла данного раздела, и плясать от него?

3) Задолбали еще и тем что часть страниц в корне и выбираться туда из подкаталогов %-|

+++ Ну это уже я даже и не знаю, как назвать...
Т.е. насколько я понял, структура меню совершенно не вяжется со структурой каталогов...

Ну в общем тогда придумывай структуру root.cfg к котором принадлежность пункта к секции будет определяться не по урлу, а например по id + parent_id.
Но это совершенно не добавляет понятности в столь несложную систему, как меню :)