Упс... или причем тут server-parsed

Начнем с того, что AddHandler server-parsed задает апачевый обработчик SSI.
Второе: зачем тебе трогать .shtml? Забей, и пользуй .html

Тогда достаточно в .htaccess прописать

AddHandler parsed-html .html
Action parsed-html /cgi-bin/parser2.exe