Кавычки не нужны...

А насчет того, что каждый может удалить/выполнить - с этим я согласен, но я никому и не советовал класть это дело в открытый доступ.
Достаточно закрытой директории разрешить ExecCGI, и все в порядке. А уж если у авторизованных пользователей плохое желание есть... тут ничего не поделаешь (только если доступ закрыть).

Лично мне прописывыть полные пути более приятно/удобно. Хотя, это дело вкуса.