Это не есть правильно...

Поле isParent задумано как показатель того, что у записи есть дети, а если проставите его в 1 всем записям у которых не нулевой parentID (который по идее должен показывать ID родителя текущей записи), то получиться, что у них тоже есть дети, хотя это может и не так. Собственно по этому я и извращался :) В итоге, одно доброе существо с mySQL'ного форума рекомендовало мне использовать REPLACE и у меня всё получилось:

UPDATE docs SET isParent='0';
CREATE TABLE tmp TYPE=HEAP
SELECT DISTINCT
parentID AS ID
FROM docs WHERE parentID!='0';
CREATE TABLE temp
SELECT docs.ID AS ID,'1' AS 'isParent',allOtherFields
FROM docs,tmp WHERE docs.ID=tmp.ID;
DROP TABLE tmp;
REPLACE docs SELECT * FROM temp;
DROP TABLE temp;