Я думаю, что это фича клиента...

Т.е. ежели обратиться через MySQL-ный драйвер к серверу с запросом, то в ответе не будет фигурировать время выполнения запроса (и по моему это логично, т.к. сервер об этом никто не просил).
А MySQL клиент просто сам спрашивает времена и считает разницу.

Хотя я могу ошибаться.