Можно. С ограничениями.

или-или:
1. Базы в одной кодировке - если оно надо.
2. Разрабатываешь только скрипты на тестовой базе под вин, а на линухе живет "нормальная" база (полная и не тестовая).

Второе мне кажется более простым - тестовую базу создать просто. А реальные данные туда-сюда гонять не очень-то и интересно (особенно при их больших размерах).