Ну, епрст...

/www/brom/cgi-bin/parser/parser2.cgi/uri.html
/www/brom/cgi-bin/parser2.cgi/uri.html
Разница есть?

Если парсер лежит в корне /cgi-bin/, объясни мне, почему же ему хочется быть по /cgi-bin/parser/?

Проверь-ка свой .htaccess... Сам по себе парсер не может придумать себе путь /cgi-bin/parser/parser2.cgi