Что делать (предупреждающий ответ) ;-)

Начнем с самого страшного: берем исходники!
Находим файл /sql/convert.cc

вариант 1.
находим строку /* #define DEFINE_ALL_CHARACTER_SETS */ и убираем комментарии.
собираем...

вариант 2.
Мотаем почти в самый конец (до "Declare mapping variables")
Находим строку CONVERT conv_koi8_cp1251... и переносим ее перед строкой #ifdef DEFINE_ALL_CHARACTER_SETS (на 7 строк вверх)
Находим строку (чуть ниже) &conv_koi8_cp1251 и переносим на 7 строк вверх
собираем...

дальше общее:
при каждом коннекте даем первый оператор:
^sql[set CHARACTER SET koi8_cp1251]

все!