Положите файл parser2.cgi (или parser2.exe для windows версии парсера) в директорию cgi-bin на вашем сервере.
Создайте в корневой директории вашего сервера файл .htaccess и добавьте в него следующие команды:

#назначение обработчиком .html страниц:
AddHandler parsed-html html
#для *nix:
Action parsed-html /cgi-bin/parser2.cgi
#для windows соответственно exe-обработчик:
#Action parsed-html /cgi-bin/parser2.exe

#запрет на доступ к .cfg файлам:
<Files ~ "\.cfg$">
Order allow,deny
Deny from all
</Files>

Также добавьте еще одну команду:
#для Russian Apache (начиная с версии PL23.0, Apache 1.2.6)
CharsetRecodeMultipartForms Off

Если добавление этой команды привело к ошибке, значит ваш веб-сервер не нуждается в этой дополнительной настройке.

Запустите Management Console, нажмите правую кнопку мыши на названии вашего веб-сервера и выберите "Properties".

Перейдите на вкладку “Home directory” и в разделе “Application settings” нажмите на кнопку “Configuration...”. В появившемся окне нажмите на кнопку “Add”.

В поле “Executable” задайте полный путь к parser2.exe.
В поле “Extension” укажите “.html”.
Включите опцию “Check that file exists”.
Нажмите на кнопку “OK”.
PARSER также можно установить на IIS 2 и на Personal Web Server, назначив обработчиком файлов *.html CGI-скрипт parser2.exe.

Также рекомендуем ознакомиться с документом по безопасности IIS